Depuis sa création, PROTEO a défini une programmation de recherche et une approche qui favorise la collaboration entre chercheurs et la mise en commun d'équipements. PROTEO regroupe 32 chercheurs provenant de six institutions universitaires québécoises (Universités Laval, de Sherbrooke, McGill, Concordia, de Montréal et UQTR).

D'autres regroupements au Québec oeuvrent dans le domaine des protéines. Mais, PROTEO se distingue de ceux-ci par 1) sa programmation scientifique et 2) son approche pluridisciplinaire unique. La programmation de recherche proposée définit des créneaux précis et originaux d'intervention, où d'importantes percées sont envisagées.

Une des particularités de PROTEO est la détermination à comprendre le fonctionnement des protéines en déchiffrant leurs structures avec la participation substantielle de chimistes de synthèse et de spectroscopistes. Leur participation ajoute une dimension unique et pertinente aux activités de recherche plus biologiques, et permet une caractérisation plus complète des systèmes protéiques étudiés. La diversité des expertises retrouvées dans PROTEO lui permet aussi de se distinguer. En effet, le regroupement rassemble des chercheurs d'une très grande diversité d'expertises: biochimie, biologie cellulaire, biologie moléculaire, biophysique moléculaire, microbiologie, immunologie, enzymologie, spectroscopie RMN des protéines, spectroscopie RMN des protéines membranaires, spectroscopie FTIR/ATR, spectropolarimétrie de dichroïsme circulaire, stabilité conformationelle, spectroscopie de résonance Raman, synthèse organique et peptidique, chimie combinatoire, biocatalyse, production de protéines à l'aide de levures, de cellules de mammifères et de bactéries, technique des doubles hybrides, séquençage et spectrométrie de masse de protéines, LC-MS, microscopie électronique, modélisation moléculaire, analyse génomique, bio-informatique, taxonomie évolutive des protéines.